Свойства самого ксенобиотика, в частности степень ионизации, оказывают большое влияние на избирательность его действия. Ионы не образуют с местами связывания ковалентных связей, а, следовательно, могут легко отрываться. Поэтому для поддержания активного центра в насыщенном состоянии необходимо, чтобы в растворе, окружающем место связывания (рецептор), постоянно присутствовал избыток данных ионов.
Разрыв ковалентных связей ферментами сильно влияет на избирательность действия агентов, так как при этом они могут превращаться в более активные или, наоборот, инертные вещества.
При неспецифической адсорбции нейтральные молекулы адсорбируются сильнее, чем ионы. Это происходит потому, что ион гидролизуется сильнее, чем соответствующие неионизированные молекулы, которые в этом случае легче вытесняются из воды.
Специфическая адсорбция свойственна гидрофильным веществам. Так, в результате притяжения к противоположно заряженным участкам поверхности ион будет адсорбироваться сильнее, чем неионизированная молекула.
Незаряженные молекулы с малой молекулярной массой обычно легко проникают через мембраны. Ионы могут также хорошо проникать в клетки при наличии в мембранах ионных каналов, систем активного транспорта (АТФаз) и др.