Таксономия лишайников, пожалуй, самая сложная часть лихенологии как науки. В середине XX века ученые выделяли лишайники в самостоятельный отдел Lichenophyta. В 1980-е годы лихенологи включили лишайники в систему грибов. Таким образом, в настоящее время среди грибов выделяют лихенизированные (lichenized), или, что является наиболее правильным, лишайникобразующие (lichen-forming) грибы (по некоторым данным около 21% всех известных грибных организмов).
К классу артониомицеты относят один порядок (Arthoniales), объединяющий 46 родов асколокулярных грибов и лишайников с битуникатными сумками. К наиболее распространенным лишайникам можно отнести артонию лучистую (Arthonia radiata) и опеграфу рыжеватую (Opegrapha rufescens).
Класс леканоромицеты включает бóльшую часть всех лишайникобразующих грибов. К нему относят 9 порядков.
Класс лихиномицеты включает 53 рода лишайникобразующих грибов.
Также лишайники входят в состав классов Дотидеомицеты и Эвроциомицеты.
Класс дотидеомицеты включает в себя огромное количество грибов (около 740 родов), из которых только небольшая часть лишайниково-образующие. Представителем является артопирения точковидная (Arthopyrenia punctiformis).
Из всех представителей класса эвроциомицеты только около половины являются лишайник-образующими. В качестве представителей можно отметить пиренулу блестящую (Pyrenula nitida) и веррукарию стенную (Verrucaria muralis).
Поскольку именно гриб определяет морфологическое строение лишайника, именно он размножается половым путём, то из всех компонентов лишайника рассматривают систематическое положение именно грибного компонента, относя лишайники к царству Fungi.
Самую последнюю таксономию данного отдела можно уточнить по приведённой ниже ссылкам:
http://www.ndsu.edu/pubweb/~esslinge/chcklst/chcklst7.htm
http://130.238.83.220/santesson/home.php?-link=Home