Во многих регионах определенные виды лишайников встречаются только в старовозрастных малонарушенных лесах. К таким видам чаще всего относят Collema furfuraceum, Hypogymnia vittata, Leptogium saturninum, Lobaria pulmonaria, Nephroma bellum, N. parile, N. resupinatum, Parmeliella triptophyl-la, многие представители порядка Caliciales, а также родов Cladonia, Peltigera, Usnea и Bryoria.
Отмечается, что при эксплуатации лесов изменяется микроклимат, что ведет к изменению лихенобиоты. В частности, неконтролируемые рубки зачастую обуславливают обеднение видового состава лихенобиоты как непосредственно из-за уничтожения субстратов произрастания многих видов лишайников, так и благодаря захламленности лесонасаждений порубочными остатками. Также негативное влияние оказывают рубки ухода, влияющие на влажность воздуха. Отмечено негативное влияние опушек леса на биомассу некоторых видов эпифитных лишайников.
Таким образом, разрушение лишайниковых сообществ может отражать ухудшение состояния древостоя.
Однако, в некоторых случаях может не отмечаться существенного влияния рубок на развитие лишайников. На некоторых площадках общее количество видов лишайников после рубок увеличивается.
Антропогенные пожары становятся все более важным фактором во многих экосистемах. Видовой состав, обилие, распространение и вторичная колонизация субстратов в значительной степени коррелируют с частотой и интенсивностью пожаров. Известно, что лишайники уничтожаются даже слабым низовым пожаром. В зависимости от видов лишайников, субстрата и места произрастания восстановление лишайникового покрова может происходить в течение 20 – 100 и более лет. В связи с этим, некоторые виды лишайников были предложены в качестве индикаторов при определении давности пожаров.